如果摩托车自燃报废了，需要按照相关法律法规进行处理。首先要联系当地的环保部门，确定废弃物的处理方式。可以将废弃的摩托车交给当地的正规废弃车辆处理公司进行处置，或者向废品收购站出售，但需要注意确保废弃车辆材料不会对环境造成污染。

同时，需要准备好相关的证件和手续，比如车辆的所有权证明、注销证明等。在处理废弃摩托车的过程中，务必要保证安全，并遵守相关法律法规。