南京飞往珠海的航班通常会在途中经过几个城市的上空。以下是一些常见的航线及可能途经的城市上空：

1. 南京 - 深圳 - 广州 - 珠海：这是南京飞往珠海的比较常见的航线之一，可能会在深圳和广州领空经过。

2. 南京 - 杭州 - 温州 - 漳州 - 厦门 - 珠海：这是南京到珠海的较为迂回的航线，通过杭州、温州、漳州和厦门的领空。

3. 南京 - 黄山 - 富阳 - 温州 - 台州 - 珠海：这也是一些南京到珠海的航班经过的路线，可能在黄山、富阳、温州和台州上空飞过。

这些航线和经过的城市是根据常见的航线和航线规划而得出的，实际上飞行路线可能会因航班安排和天气等因素而有所不同。