福州南站总建筑面积19.7万平方米，旅客候车面积21744平方米。截至2010年3月，福州南站车场规模7台14线。

福州南站采用中轴对称、地域风格浓郁的建筑造型。站房入口位于东西向的“向海”轴上，设计手法开放而大气，借以表达福州“海纳百川、有容乃大”的城市精神；立面构图撷取传统建筑飞檐的流线型元素，与福州当地的“鞍形墙”形象暗合，显示出建筑的福州本土特征。在站内空间结构设计上，站房采用树状柱式作为空间构成要素，既突显了空间的开阔大气，又彰显了“榕城”的城市文脉，呈现出“榕荫聚福，丝路方舟”的设计立意。截至2010年4月，福州南站总建筑面积19.7万平方米，旅客候车面积21744平方米。

福厦高铁福州南站房屋建筑及配套工程属扩建工程，位于既有福州南站东侧设客专场，新建总建筑面积40.72万平方米，其中站房建筑面积5万平方米。

福州南站有停车楼和地下停车场，可容纳800辆社会车辆。其中，地下停车场分为A、B两区，设500个停车位；停车楼设300个停车位，停车楼三楼建有走廊，市民通过通道可步行前往进站口。 截至2013年3月，福州南站西站房一层的换乘大厅内设有售票大厅。