根据《劳动法》规定，公司以扣分形式罚款是不合法的，因为公司不具备对员工进行罚款的权力。员工的工资应当根据劳动合同和法律规定进行支付，任何非法的罚款行为都会违反劳动法，员工有权利通过法律途径维护自己的权益。因此，公司应该遵守相关法律法规，合法合理地处理与员工之间的纠纷和问题。
首先要确认有没有旷工的事实，为什么旷工，是否为不可抗原因导致旷工。其次要看当时双方所签劳动合同关于旷工的条款。员工确实违反合同被公司辞退应该是公司的权力，按合同约定保证双方合法权益即可。若确实有旷工但未达到合同约定的时长或因不可控导致旷工可申请调解或通过诉诸法律维权。