办理南充市中心医院的特殊门诊流程如下：

参保单位或参保个人首次申请须在每季度最后一个月15日以前，凭《医保手册》到初审医院医保科领取表格并完整填写《特殊病种门诊申请表》，同时备齐申报病种的相关病历资料（或复印件）、一张近期1寸免冠照片，选定一家定点医院和一家特殊病种门诊服务药店就医、购药。

初审医院收齐申请人的相应资料后，组织本院医疗专家诊查并初步鉴定。

市医疗保险处每季季末组织本市城镇职工基本医疗保险专家委员会进行集中评审，专家委员会根据特门确认标准进行逐个审定。

经市专家委员会评审通过的，特门申请人在下个季度第一个月5个工作日以后，携带《医保手册》到市医疗保险处领取《特殊病种门诊专用病历》，评审通过者于当月开始享受基本医疗保险特殊病种门诊待遇。经市专家委员会评审未通过的，注明未批准的原因并书面告知，同时将病历资料退回申请人。

如果需要更多信息，可以到医院官网查询或咨询工作人员。