结局是神龟们各个骁勇善战,身怀绝技,为了维护正义,保卫城市家园,他们同狡猾的巴克斯特斯多克曼博士、紫龙帮的坏蛋以及一伙神秘且训练有素的忍者展开殊死搏斗。
里奥失去了记忆，成为反派，最后被拉斐尔唤醒，兄弟四人团聚后，大家都上了天堂。
忍者神龟第五季停播的原因主要与该动画片的收视率下降有关。忍者神龟第五季播出时，收视率始终没能达到预期，而且大部分观众对该季度的评价并不高。
此外，忍者神龟第五季还遭遇了一些诸如版权问题和制作费用的挑战，这些都给动画的制作和播出带来了一定的压力。由于收视率等多种因素的影响，忍者神龟第五季最终停播了。