1、使用的法律、法规不同：

劳动合同适用《劳动法》、《劳动合同法》及劳动人事部门颁布的有关劳动人事方面的规章。而就业协议目前无法可依，只能使用教育部颁发的《普通高等学校毕业生就业工作暂行规定》和有关政策。

2、适用主体不同：

劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系的协议，只要双方当事人协商一致，符合国家的法律、行政法规，无欺诈、胁迫等手段。经双方签字盖章，合同即生效。而目前的就业协议陈毕业生与用人单位双方签字、盖章外，尚需学校介入。

3、适用的人员不同：

劳动合同可以适用于各类人员，凡是中华人民共和国的公民，只要有劳动能力并符合法律规定的条件，经过供需见面、双向选择，一经录用都可以与用人单位签订劳动合同。而就业协议适用的人群只限于高校毕业生、毕业研究生。

4、签订的内容不同：

依据《劳动法》的规定，劳动合同的内容包括7项必备条款(前面已经详细讲述)，除此之外，当事人可以协商约定其他内容，条款十分齐全。

5、签订时间不同：

一般就业协议签订在前，是高校前毕业生在找工作过程中，落实用人单位后签订的；劳动合同签订在后，是毕业生到用人单位报到后签订的。