苗木在室内育种时出现细长倒伏的情况通常是由于以下原因导致的：

1. **光照不足：** 如果苗木长时间处于光照不足的环境中，会导致植物过度拉长，变得细长倒伏。

2. **温度不适宜：** 温度过高或过低都会影响苗木的正常生长，可能导致细长倒伏的情况发生。

3. **缺乏营养：** 如果土壤中的营养物质不足，植物无法获得必要的养分支持正常生长，容易导致细长倒伏。

针对苗木细长倒伏的情况，可以采取以下措施进行处理：

1. **增加光照：** 确保苗木处于充足的阳光下，或者使用人工灯光补充光照，帮助植物正常生长。

2. **调节温度：** 保持适宜的生长温度，避免温度过高或过低对苗木生长造成影响。

3. **提供适当的水分和营养：** 确保土壤保持适当的湿润度，并及时为苗木施肥，提供必要的营养物质。

4. **支撑苗木：** 如果苗木已经出现细长倒伏的情况，可以考虑用支架或支撑物将苗木支撑起来，有助于恢复其正常生长姿态。

5. **修剪处理：** 如果苗木生长过长且细长倒伏严重，可以适当修剪植株，促使新的生长点发育，使植株重新长成健康的形态。

通过以上措施，可以帮助处理室内育种中苗木细长倒伏的情况，促进植物重新恢复健康生长状态。